ભાજપના ભોપાલથી ચૂંટાયેલા સાંસદ સાધ્વી પ્રજ્ઞા સિંહ ઠાકુરને મહત્વની ગણાતી કેન્દ્રીય સંરક્ષણ મંત્રાલયની સંસદીય સલાહકાર સમિતિમાં સ્થાન મળ્યું છે. મોદી સરકીરે તેમની નિમણૂંક કરી છે. સમિતિના અધ્યક્ષ તરીકે સંરક્ષણમંત્રી રાજનાથ સિંહ છે. સંરક્ષણ મામલે નિર્ણય લેનારી અને ભલામણ કરનારી આ સમિતિમાં કુલ ૨૧ સભ્યો છે. સાધ્વી પ્રજ્ઞા સિંહે લોકસભાની ચૂંટણીમાં મધ્યપ્રદેશના ભૂતપૂર્વ મુખ્ય મંત્રી અને કોંગ્રેસના નેતા દિગ્વિજય સિંહને પરાજિત કર્યા હતા. સાધ્વી પ્રજ્ઞા સિંહ માલેગાંવ બોંબ ધડાકા કેસમાં આરોપી છે અને હાલમાં કોર્ટ દ્વારા જામીન પર બહાર છે. તેમની નિમણૂંક સામે વિપક્ષ કોંગ્રેસે ભારે વિરોધ નોંધાવીને તેને ભારતીય સેનાનું ઘોર અપમાન ગણાવ્યું હતું.
કોંગ્રેસે ટ્વીટ કરીને સાધ્વી પ્રજ્ઞાસિંહને સંરક્ષણ મંત્રાલયની સંસદીય સલાહકાર સમિતિમાં સામેલ કરવા પર કડક પ્રતિક્રિયા આપતાં કહ્યું કે આખરે મોદીજીએ પ્રજ્ઞાસિંહ ઠાકુરને દિલથી માફ કરી દીધા છે. કોંગ્રેસે કહ્યું છે કે આતંકવાદી હુમલા કેસના ના આરોપીને સંરક્ષણ મંત્રાલયની સમિતિમાં સ્થાન આપવું એ ભારતના બહાદુર સૈનિકોનું અપમાન છે કે જે આતંકવાદીઓથી દેશનું રક્ષણ કરે છે.
અજમેર દરગાહ બોંબ ધડાકો કેસ તથા અન્ય કેસોમાં તેમના નામો બહાર આવ્યા હતા. જો કે તપાસ એજન્સી એનએઆઇ તેમની સામે કોઇ પુરાવા આપી શકી નથી. તેમની સામે હાલમાં માલેગાંવ બોંબ બ્લાસ્ટ કેસ ચાલી રહ્યો છે.
ઓક્ટોબર ૨૦૦૭ માં અજમેરના ખ્વાજા મોઇનુદ્દીન ચિશ્તીની દરગાહ પર બોમ્બ બ્લાસ્ટ થયો હતો. આ બોમ્બ બ્લાસ્ટમાં સાધ્વી પ્રજ્ઞાનું નામ બહાર આવ્યું હતું. આ કેસની તપાસ રાષ્ટ્રીય તપાસ એજન્સી (એનઆઈએ) ને સુપરત કરવામાં આવી હતી. એપ્રિલ ૨૦૧૭ માં, એનઆઈએ દ્વારા ઠાકુર અને અન્ય લોકોને ક્લિનચીટ આપી હતી.
૨૯ સપ્ટેમ્બર, ૨૦૦૮ ના રોજ મહારાષ્ટ્રના માલેગાંવમાં બોમ્બ વિસ્ફોટ થયા હતા. આ કેસમાં તપાસ બાદ સાધ્વીની ધરપકડ કરવામાં આવી હતી અને તે લગભગ ૯ વર્ષ સુધી જેલમાં રહી હતી. ૨૦૧૭ માં બોમ્બે હાઇ કોર્ટે સાધ્વીને શરતી જામીન આપી દીધા હતા. આ વિસ્ફોટોમાં ૬ લોકો માર્યા ગયા અને ૧૦૧ ઘાયલ થયા. આ વિસ્ફોટ મોટરસાયકલ દ્વારા કરવામાં આવ્યા હતા. આરોપ છે કે સાધ્વી પ્રજ્ઞાએ આ મોટરસાયકલ તેના નજીકના એક રામચંદ્ર ઉર્ફે રામજી કલસંગ્રાને આપી હતી. કલસંગ્રા પર બાઇક પર બોમ્બ લગાવવાનો આરોપ છે. તપાસ દરમિયાન મોટર સાયકલ ઉપર નોંધણી નંબર પ્લેટમાં લખાયેલ નંબર એમએચ -૧૫ પી -૪૫૭૨ પણ કોપી કરાયો હતો. અભિનવ ભારતના સહ-સ્થાપક લેફ્ટનન્ટ કર્નલ પુરોહિતે સાધ્વી પ્રજ્ઞાને માલેગાંવ વિસ્ફોટો માટે જવાબદાર ગણાવી હતી.
સાધ્વીએ ચૂંટણીઓ દરમ્યાન અને તે પછી કેટલાક વિવાદિત નિવેદન આપીને ભાજપને આંચકા આપ્યા હતા. લોકસભાની ચૂંટણી દરમિયાન તેમણે રાષ્ટ્રપિતા ગાંધીજીના હત્યારા નથુરામ ગોડસેને દેશપ્રેમી કહ્યા હતા. તેમના નિવેદનમાં ભારે હોબાળો મચી ગયો હતો. વડા પ્રધાન નરેન્દ્ર મોદીએ કહ્યું હતું કે પ્રજ્ઞાસિંહનું નિવેદન ઘૃણાસ્પદ છે અને તેઓ આ માટે તેમને ક્યારેય માફ કરી શકશે નહીં.
સાધ્વીએ મુંબઈ હુમલામાં શહીદ થયેલા એટીએસના પૂર્વ વડા હેમંત કરકરે વિશે કહ્યું હતું કે કરકરેને એક સાધ્વી તરીકે મેં શાપ આપ્યો હતો. પ્રજ્ઞાએ કહ્યું કે,તે વખતે મારી ધરપકડ બાદ ’મેં કહ્યું હતું કે તમારું (હેમંત કરકરે) સર્વનાશ થશે. ૨૬ નવેમ્બર, ૨૦૦૮ ના રોજ મુંબઇમાં થયેલા આતંકવાદી હુમલામાં આતંકવાદીઓની બહાદુરીથી લડતા કરકરે શહીદ થયા હતા.
ભાજપના વરિષ્ઠ નેતાઓ અરુણ જેટલી, સુષ્મા સ્વરાજ અને બાબુલાલ ગૌરના નિધન પછી પણ સાધ્વીએ એક વિવાદિત નિવેદન આપ્યું હતું. તેમણે કહ્યું હતું કે એક પછી એક ભાજપના વરિષ્ઠ નેતાઓના મોત પાછળ વિપક્ષનો હાથ છે અને તેઓ કેટલાક ’ત્રાટક શક્તિ’ નો ઉપયોગ કરી રહ્યા છે.