સુપ્રીમ કોર્ટે સીબીઆઈ અને ગુજરાત સરકારની અપીલો પર પોતાના ચૂકાદો આપ્યો હતો. સુપ્રીમ કોર્ટે ગુજરાતના પૂર્વ ગૃહમંત્રી હરેન પંડ્યાની હત્યામાં 12 આરોપીઓને દોષી ઠેરવ્યા છે. ગુજરાતના પૂર્વ ગૃહમંત્રી પંડ્યાની 2003માં હત્યા કરવામાં આવી હતી. ગુજરાત હાઈકોર્ટે 12 આરોપીઓને દોષમૂક્ત જાહેર કરવાના ચૂકાદા અંગે સુપ્રીમ કોર્ટમાં અરજી ફાઈલ કરી હતી. જોકે, કોર્ટે એનજીઓની અરજી ફગાવી દીધી હતી. એનજીઓની અરજીમા હરેન પંડ્યા હત્યા કેસની તપાસ નવેસરથી કરવા માટે દાદ માંગી હતી. કોર્ટે એનજીઓને પચાસ હજાર રૂપિયાનો દંડ પણ ફટકાર્યો હતો અને કહ્યું હતુ કે હવે આ મામલે અન્ય કોઈ અરજી પર વિચાર કરવામાં આવશે નહીં. તમામને જન્મટીપની સજા સંભળાવવામાં આવી છે.
હરેન પંડ્યા નરેન્દ્ર મોદીના નેતૃત્વવાળી સરકારમાં ગુજરાતના ગૃહમંત્રી હતા. 26મી માર્ચ-2003માં અમદાવાદના લો-ગાર્ડન વિસ્તારમાં મોર્નિંગ વોક દરમિયાન ગોળીઓ મારી તેમની હત્યા કરવામાં આવી હતી. સીબીઆઈ પ્રમાણે હરેન પંડ્યાની હત્યા 2002ના કોમી રમખાણોનો બદલો લેવા માટે કરવામાં આવી હતી.
સીબીઆઈ અને ગુજરાત પોલીસે 29મી ઓગષ્ટ-2011ના રોજ ગુજરાત હાઈકોર્ટના ચૂકાદાને ખોટો બતાની અપીલ કરી હતી. ગુજરાત હાઈકોર્ટે તમામ આરોપીઓને છોડી દીધા હતા.